Rezervat Natyror i Menaxhuar “Liqeni i Shkodrës”, me Vendimin e Këshillit të Ministrave nr. 60, datë 26.1.2022 u miratua ndryshimi i sipërfaqes së ekosistemit natyror/ligatinor “Liqeni i Shkodrës”, shpallur “rezervat natyror i menaxhuar” (kategoria IV e zonave të mbrojtura), nga 26 535 ha në 24 049.75 ha.
Liqeni i Shkodrës ndodhet në veriperëndim të Shqipërisë, në kufi me Malin e Zi. Ujërat e liqenit derdhen në Detin Adriatik përmes Lumit Buna.
Liqeni i Shkodrës është më i madhi në Ballkan, me një sipërfaqe nga 360-540 km2, dhe së bashku me Lumenjtë Moraça, Drini e Buna përfaqëson një sistem unikal me potenciale të larta natyrore, biologjike dhe hidrologjike. Liqeni ka karakter litoral, me shumë kriptodepresione dhe me luhatje të madhe të ujit.
Përfshin pjesën shqiptare të liqenit (14.900ha), fillimet e lumit Bunë dhe rrethinat fushore e kodrinore të tij (11.635ha). PN përbëhet nga hapësira ujore (liqeni) dhe rrethinat tokësore.
149km2 të Liqenit të Shkodrës janë brenda kufijve politikë të vendit tonë dhe pjesa tjetër jashtë tyre. Liqeni është 45 km i gjatë dhe 13km i gjerë dhe grumbullon ujërat nga pellgu ujëmbledhës prej rreth 5.179km2. Thellësia mesatare është 7-10m, ndërsa maksimalja 44m dhe vëllimi i ujit 2,6km3. Është fushor, fundi i tij përbën një kriptodepresion.
Nga ky liqen buron Buna, që derdhet në Adriatik. Brigjet perëndimore të liqenit janë gëlqerore e me plot ishuj shkëmborë, ndërsa brigjet lindore janë të ulëta të tipit akumulues. Aty mbarojnë me delta përrenjtë. Dikur, liqeni shtrihej deri në rrëzë të Alpeve.
Tiparet e sotme të liqenit janë formuar jo shumë kohë përpara. Sipas disa autorëve, ende vonë, në kohën historike, përmasat e liqenit ishin shumë të vogla. Më vonë sipërfaqja filloi të rritet, madje kjo rritje vazhdon edhe sot. Rritja më e madhe filloi sidomos në mesin e shekullit të kaluar, kur u formua një degë e Drinit, që derdhej në Bunë.
Drini me aluvionet e tij po e mbush shtratin e Bunës, duke e bërë këtë të fundit gjithmonë e më të paaftë për të nxjerrë ujë. Rritja e sipërfaqes është e lidhur edhe me uljen e ngadalshme të tokës (brigjeve), me mbushjen e fundit të liqenit nga aluvionet e përrenjve që derdhen në liqen. Për këtë rritje dëshmojnë: kthimi i gadishullit të Vraninës në ishull, zbulimet e shumta arkeologjike, banesa nën ujë, pohimet e banorëve vendas.
Për liqenin e Shkodrës janë karakteristike luhatjet e mëdha të niveleve. Në ushqimin e liqenit rolin kryesor e luajnë ujërat rrjedhëse sipërfaqësore, por vend të rëndësishëm luajnë edhe ujërat nëntokësore. Në të derdhet lumi i Moraçës (jashtë kufirit) dhe shumë përrenj malorë: Cvarica, Orakovska, Rjeka, Karshuma, Plavnica (jashtë kufirit), Përroi i Thatë, Rrjolli, Siça, Banushi, Vraka, që dallohen për regjimin e tyre tepër të çrregullt. Pellgu ujëmbledhës i liqenit është malor, i përbërë kryesisht nga gëlqerorë, tepër të karstëzuar dhe, në përgjithësi, i zhveshur nga bimësia.
Liqeni i Shkodrës përbën nivelin më të ulët të gjithë zonës, prandaj edhe burimet karstike, që dalin në taban ose në afërsi të tij janë të shumta (Syri i Sheganit,Viri, Krevenica, Shala e Kastranit, Ivanaji, Hoti etj.).
Ujërat e liqenit të Shkodrës janë të ngrohta. Temperatura mesatare e shkurtit arrin 4–6° C dhe vjetore 16,3° C. Diferenca midis temperaturës së sipërfaqes dhe temperaturës në thellësi është e vogël (rreth 2° C), pasojë e thellësisë së vogël të liqenit. Si rrjedhojë e thellësisë së vogël, ujërat e liqenit janë të ngopura me oksigjen nga sipërfaqja në tabanin të tij. Uji, si pasojë e sasisë së madhe të lëndës së ngurtë të sjellë nga përrenjtë dhe i zhvillimit të mikrogjallesave, është i turbullt dhe me tejdukshmëri të vogël, ndërsa ngjyra jeshile deri në blu të errët.
Klima subtropikale dhe kompleksi i habitateve liqenore, kënetore e lumore dhe me shumë nishe ekologjike ka krijuar kushte për një zhvillim të harlisur të makrofiteve submerse (Potamogeton sp.,Ceratophyllum demersum, Najas marina, Valisneria spiralis etj.), flotuese (Nymphaea alba, Nuphar lutem, Trapa natans etj.) dhe emergjente, si (kallmishte, xunkth, zubë, shavar etj.)
Edhe fauna e tij është e pasur dhe nga më interesantet në Evropë. Lumi i Bunës shërben si vendkalim i peshqve Det-Liqen dhe ndërsjelltas. Në të jetojnë afro 45 lloje peshqish, ndërmjet të cilëve dhe blini (Acipenser sturio). Disa kanë rëndësi ekonomike, si: Gjuca, Krapi, Qefulli, Ngjala, Njila, Lloska, Kubla etj.
Liqeni i Shkodrës është vlerësuar ndër hapësirat ujore më të mëdha në Ballkan, me ekosistem të pasur me peshq dhe shpendë. Për këtë arsye, qeveria shqiptare dhe ajo malazeze e kanë shpallur atë “zonë të mbrojtur”. Njëherësh është zonë e rëndësishme IBA për shpendët në Evropë (afro 40 lloje shpendësh ujorë) dhe për llojin globalisht të kërcënuar Phalacrocorax pygmeus. Përdoret për peshkim, ujitje dhe turizëm.
Liqeni karakterizohet nga një florë dhe faunë shumë e pasur e me shumë endemizma, si dhe nga një kapacitet dhe diversitet i lartë shpendësh, prej të cilëve 168 lloje u përkasin habitateve ujore.
Bazuar në përditësimet e fundit (Nëntor 2019) në territorin e PN janë evidencuar: 15 tipe habitatesh natyror (sipas Listës së Habitateve të NATURA 2000, prej të cilave 3 tipe habitatesh, janë të listuara si prioritare), 13 lloje, floristike të rëndësishme, 3 lloje, endemike, 4 lloje, të Aneksit IV, të Direktivës së Habitatit dhe 7 lloje, që përfshihen në Konventën e Bernës. Në Liqeni i Shkodrës rriten një subspcie endemike (Minuartia baldaccii subsp. scutariensis), 2 lloje, të rralla (Tanacetum cinerariifolium dhe Campanula austroadriatica), 3 lloje, të kërcënuara globalisht (Caldesia parnassifolia, Marsilea quadrifolia, Trapa natans), etj.